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如果苹果手机自动输入验证码后，短信验证码被删除了，可以尝试以下几种方法来恢复或解决问题。
1、检查删除短信的垃圾箱：在iOS系统中，删除的短信会被移至“已删除”或“垃圾箱”中，可以前往该位置查找可能尚未彻底删除的验证码短信。
2、检查自动填充功能：确认是否使用了自动填充密码或验证码功能，如果启用了该功能，当接收到验证码时，手机会自动复制并填充，即使短信被删除，验证码可能仍保存在自动填充功能中。
3、检查其他通知应用：确认是否使用了其他通知应用来接收短信通知，某些用户会使用第三方应用来接收和管理短信通知，在这种情况下，即使短信被删除，这些应用可能仍保存有验证码记录。
4、联系服务提供商：如果以上方法均无效，可以尝试联系服务提供商（如移动运营商）以获取帮助，他们可能能够查询已发送的短信记录，以确认验证码是否已发送至手机。
5、重新获取验证码：如果以上方法均无法恢复已删除的验证码，可以尝试重新获取验证码，在需要验证码的场合（如登录账户、验证身份等），重新请求发送验证码，并确保及时接收新短信。
这些方法的有效性可能因具体情况而异，如果涉及重要的验证码信息，建议尽快与相关的服务提供商或机构联系以获取帮助和解决方案。